As Unidades de Conservação possuem dispositivos legais que estabelecem restrições quanto as atividades que podem ser desenvolvidas em suas áreas, disciplinando o uso da terra e a ocupação humana na região.

Em Peruíbe há quatro Unidades de Conservação, que detêm os principais atrativos turísticos naturais do município, como praias, rios, cachoeiras e ilhas. São áreas que apresentam legislação que condiciona a sua utilização, possibilitando assim a sua preservação e a manutenção das suas características naturais originais. É permitido o desenvolvimento de projetos que objetivem pesquisas científicas e conscientização ambiental.

As Unidades de Conservação de Peruíbe apresentam imenso potencial para a implantação do ecoturismo e do turismo de pesquisa, atraindo segmentos de mercado interessados em ter contato, observar e estudar os diversos ecossistemas preservados da região.

Área de Proteção Ambiental de Cananéia - Iguape - Peruíbe: Localizada na parte oeste e sul do município, abrange todo o entorno da E.E.J.I. Permite a visitação e a exploração sustentada;

Parque Estadual da Serra do Mar: Decreto 10.251, de 30/08/77, 13.313, 06/03/79. Localizado a oeste do município, com área total de 309.938 ha. A ocupação do local é realizada por caiçaras e indígenas; responsabilidade: Instituto Florestal

Parque Estadual da Serra do Mar: Decreto 10.251, de 30/08/77, 13.313, 06/03/79. Localizado a oeste do município, com área total de 309.938 ha. A ocupação do local é realizada por caiçaras e indígenas; responsabilidade: Instituto Florestal

Área de Relevante Interesse Ecológico de Ilha Queimada Grande e Ilha Queimada Pequena: Localizadas no oceano Atlântico, à sudeste de Peruíbe, as ilhas possuem área de 23ha e se encontra sob fiscalização do IBMARNR, apresentando restrições quanto às atividades permitidas e quanto à presença humana;

Estação Ecológica Juréia - Itatins (E.E.J.I.): Estação Ecológica Estadual - Lei 5.649, de 28/04/87 é considerada pela UNESCO como um dos cinco mais importantes estuários do mundo. Possui uma área de 79.245 hectares. Pertence aos municípios de Iguape, Peruíbe, Itariri e Miracatu. Na E.E.J.I. estão representados os principais ecossistemas de fauna e flora do litoral paulista. Devido à mata primitiva, à diversidade de ecossistemas e às áreas ainda intocadas, representa importante reduto ecológico. É administrada pelo Instituto Florestal e pertencente à Secretaria do Meio Ambiente do Estado de São Paulo.